Connecting research to society

Software

Binnen Molepi ontwikkelen wij statistische en bioinformatische methodologiën die nodig zijn voor de analyse van gegevens die worden gegenereerd door nieuwe technologieën. Hieronder volgt een kort overzicht van de software die binnen onze afdeling is ontwikkeld.

GitHub:

DNAmArray: Gestroomlijnde workflow voor de kwaliteitscontrole, normalisatie en biasvrije analyse van Illumina methylation array data - De Leiden benadering.

 

BioConductor:

MethylAid: Een visuele en interactieve webapplicatie met behulp van een pakket van RStudio. 'Probleem monsters' met een slechte kwaliteit worden gedetecteerd met behulp van monster-afhankelijke en monster-onafhankelijke controles die aanwezig zijn op de array en door de gebruikers verstelbare drempelwaarden. Een diepgaande verkenning van slechte kwaliteit monsters kan worden uitgevoerd met behulp van verschillende interactieve diagnostische plots van de kwaliteitscontrole probes die aanwezig zijn op de array. Bovendien kan de impact van een batch effect dat door de gebruiker wordt geleverd, worden onderzocht.

BaconBacon kan gebruikt worden om de inflatie en bias te verwijderen die vaak waargenomen worden in epigenoom- en transcriptoom-wijde associatiestudies. Hiervoor construeert Bacon een empirische nulverdeling aan de hand van een Gibbs Sampling algoritme door een drie-componenten normaal mengsel op z-scores aan te passen.

 

 

 

 

 

onderzoek

Waar werken wij op dit moment aan

onderzoek onderzoek

mensen

Ontmoet de mensen van Molepi

mensen mensen

publicaties

Bekijk onze meest recente publicaties

publicaties publicaties